passer d'une boite auto à manu t'es pas pris en compte par ton assureur, tu payes plus cher en assurance pour rien (boite auto + chere que boite manu), tu risques d'etre recalé au CT si ils voient que t'as plus la boite auto (avec le numéro de série, ils ont toutes les infos, et le type mine boite auto/boite meca n'est pas le meme).
Changer de boite auto pour une boite manu ca te fait courrir de gros gros risques pour pas grand chose sur une voiture comme une EC9. Plutot alors te trouver une EC9 manuelle, quitte à mettre ton bloc dedans et garder la boite manu (bon ta carrosserie/chassis aura quand meme les bornes et sera quand meme plus rincé que ta Civic avec 60.000Kms).
Coté risques encourus c'est pas très rentable... (CT, Assurances)
Coté frais à faire pour le changer c'est pas très rentable... (Achat d'une voiture complete pour pieces)
Coté temps passé pour faire le changment c'est pas très rentable... (Modifs du tablier, installation de toutes les pieces, adaptation des supports, faisceaux elec, etc...)
Bref, tu peux faire la modif si vraiment t'y tiens, mais pour répondre à ta question principale : pas sure qu'elle passe au CT.
Après tu peux toujours faire un passage a la DRIRE pour l'homologuée comme boite manuelle, mais faut que le taf soit fait par un pro, avec pieces neuves, et factures a l'appui si tu veux une chance qu'elle soit acceptée.
Bref, ca va te couter 10x le prix de ta Civic à la base si tu veux etre légal, et sinon ca risque de te couter ton salaire, tous les mois, de toute ta vie si t'as un accident meme non responsable et que tu mets quelqu'un avec des sequelles, voire handicapé, voire...pire
(mais ca, c'est une question morale qui ne rentre pas en considération)